Fyren byggdes av Gävle stad som ersättning till staten för det grus som lastades från Limön till bygget av hamnen vid Fredriksskans i Gävle.
I början av 1900-talet användes fyren också som skola och lärarbostad. 1980 släcktes ljuset i den gamla fyren och ersattes av en nyare stålkonstruktion. Även den är numera tagen ur bruk och ersatt av två ledfyrar på öns östra del.
Troligtvis har den här platsen använts långt tidigare för att leda sjötrafiken säkert in mot Gävle. De tidigaste hjälpmedlen var så kallade fyrbåkar, eldar som hängdes upp i stänger på höga platser. På gamla kartor anges även att Limön var plats för vårdkasar. Dessa tändes vid behov för att varna befolkningen längs kusten för annalkande faror, som till exempel anfall av fientliga styrkor.
Mellan åren 1822 och 1911 fanns en lotsstation på Limön. Den lades ner när landhöjningen gjorde att lotsen hade svårt att ta sig tillbaka till Limön vid stormigt väder. Lotsstugan flyttades då till Bönans lotsplats där den finns kvar än idag.